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| − | The research activities carried out in both main themes ([http://icube-smh.unistra.fr/en/index.php/Technologies_for_computer_aided_design Technologies for CAD] and [http://icube-smh.unistra.fr/en/index.php/Multiphysics_systems_and_microsystems Multiphysics systems and microsystems]) meet on a cross-cutting research activity dedicated to engineering for biology and medicine, which is one of ICube laboratory's cutting edge research area. This cross-cutting research comes into various activities.
| + | Les activités de recherche menées dans les deux thèmes ([http://icube-smh.unistra.fr/fr/index.php/Technologies_pour_la_CAO Technologies pour la CAO] et [http://icube-smh.unistra.fr/fr/index.php/Syst%C3%A8mes_et_microsyst%C3%A8mes_multiphysiques Systèmes et microsystèmes multiphysiques]) se rejoignent dans une activité transversale portant sur l’ingénierie pour la biologie et la médecine, ce qui constitue l'un des axes majeurs du laboratoire ICube. Cette axe transversal se retrouve dans plusieurs activités : |
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| − | == Tools for biological synthesis ==
| + | * Le tracking d'outils chirurgicaux en environnement IRM (XYZ-IRM) |
| − | The large base of knowledge in the area of technology for integrated circuits design can be applied to other domains and on media that differ from semiconductors such as biological synthesis. This is a new technology where biotechnology meets semi-conductor and computer sciences. The goal is investigate the possibilities to adapt IC Computer Aided Design (CAD) tools for biological systems conception. This could help biologists to create new biological functions by assembling appropriate elementary blocks (DNA sequences) as in the synthesis process of digital integrated ICs. One activity of the SMH team precisely consists in identifying and make use of the similarities to IC conception. This activity is bound to "[http://icube-smh.unistra.fr/en/index.php/Technologies_for_computer_aided_design Technologies for computer aided design]" activities as far as the elementary blocks modeling and CAD tools (components library, biological synthesizer, dedicated simulator, optimizer ...) development is concerned.
| + | * Biocapteurs pour la détection de polluants dans l'eau potable |
| − | | + | * Laboratoire-sur-puce, fluorescence résolue en temps dans un circuit micro-fluidique (PICO²) |
| − | The figure below shows the 4 principal steps of a system's conception flow using CAD tools, i.e. 1) high-level automatic synthesis, 2) elementary functions library low-level synthesis, 3) virtual prototyping (modeling, simulation and optimization) and 4) final assembly for manufacturing and test purpose. Our team mainly addresses steps 1 to 3. For step 1, we proposed to adapt an open-source logical synthesizer in order to perform elegant high-level synthesis. For step 2, we have been investigating the potential of evolutionary algorithms. For step 3, we developed various VHDL-AMS models and formalisms able to describe biological systems together with a tool that can generate biological models using generic bond description between a macromolecule and a ligand.
| + | * Imagerie médicale optique (Spirit) |
| − | | + | * Spectroscopie par résonance magnétique in-vivo (IvMRS) |
| − | [[File:Biosynthesis_flow.png|link=Cross-cutting_research|700px|thumbnail|center|Biological synthesis conception flow]]
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| | [[en:Cross-cutting research]] | | [[en:Cross-cutting research]] |
Version actuelle datée du 25 janvier 2018 à 11:55
Les activités de recherche menées dans les deux thèmes (Technologies pour la CAO et Systèmes et microsystèmes multiphysiques) se rejoignent dans une activité transversale portant sur l’ingénierie pour la biologie et la médecine, ce qui constitue l'un des axes majeurs du laboratoire ICube. Cette axe transversal se retrouve dans plusieurs activités :
- Le tracking d'outils chirurgicaux en environnement IRM (XYZ-IRM)
- Biocapteurs pour la détection de polluants dans l'eau potable
- Laboratoire-sur-puce, fluorescence résolue en temps dans un circuit micro-fluidique (PICO²)
- Imagerie médicale optique (Spirit)
- Spectroscopie par résonance magnétique in-vivo (IvMRS)
